ฤดูฝนเป็นช่วงที่สภาพแวดล้อมมีความชื้นสูงกว่าช่วงฤดูอื่น และความชื้นที่สูงมีผลให้การระบายความชื้นภายในโรงเรือนเกิดขึ้นได้ไม่ดี  ส่งเสริมให้เชื้อจุลชีพก่อโรคในสภาพแวดล้อมมีชีวิตรอดได้นานขึ้นจากหลายปัจจัย ส่งผลให้มีความเสี่ยงต่อการเกิดปัญหาสุขภาพของสัตว์ปีกเพิ่มขึ้น ซึ่งมีรายละเดียดดังนี้

1. การติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร โดยฝนที่ชะเอาดินและสารอินทรีย์จากหน้าดินลงสู่แหล่งน้ำที่อยู่ในระดับต่ำกว่าทำให้น้ำเกิดการปนเปื้อนเชื้อจุลชีพก่อโรคเพิ่มขึ้น ส่งผลเสียต่อระบบทางเดินอาหารจากการนำน้ำแหล่งนั้นไปให้สัตว์ปีกกินโดยไม่มีการฆ่าเชื้อด้วยคลอรีน ดังนั้นควรมีการฆ่าเชื้อในน้ำก่อนอย่างถูกต้องและมีประสิทธิภาพ
2. การติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ จากสภาพอากาศที่มีความชื้นสูง ทำให้การระเหยของน้ำภายในโรงเรือนเกิดขึ้นได้น้อยลง ส่งผลให้เกิดการสะสมความชื้นภายในโรงเรือน ทำให้เกิดแก๊สแอมโมเนียสูงขึ้นจากวัสดุรองพื้นหรือสิ่งขับถ่ายที่เปียกชื้น เมื่อสัตว์ปีกหายใจเอาแก๊สแอมโมเนียเข้าไปอย่างต่อเนื่อง ทำให้ระบบทางเดินหายใจเกิดการอักเสบและง่ายต่อการติดเชื้อแทรกซ้อนตามมา การเพิ่มความเร็วลมสามารถช่วยให้การระบายอากาศและความชื้นภายในโรงเรือนได้ดีมากขึ้น ร่วมกับการปรับลดการใช้ปั๊มน้ำรดแผ่นรังผึ้งในช่วงที่มีความชื้นในบรรยากาศสูง ซึ่งการทำดังที่กล่าวมาช่วยบรรเทาปัญหาเหล่านี้ได้
3. สารพิษจากเชื้อรา การจัดเก็บอาหารสัตว์ที่ไม่ดี ทำให้น้ำหรือความชื้นเข้าไปสัมผัสกับอาหาร ก่อให้เกิดการเจริญของเชื้อราและการสร้างสารพิษจากเชื้อราขึ้นตามมา ส่งผลให้สัตว์ปีกที่กินอาหารที่ปนเปื้อนเชื้อและสารพิษดังกล่าวเกิดสภาวะกดภูมิคุ้มกัน ทำให้ง่ายต่อการเกิดปัญหาสุขภาพตามมา
4. ประสิทธิภาพของสารฆ่าเชื้อที่ลดลง จากน้ำฝนที่ตกลงไปเจือจางหรือดินโคลนที่ทำให้สารฆ่าเชื้อซึ่งอยู่ในอ่างจุ่มล้อหรือเท้าด้อยประสิทธิภาพลง เพิ่มความเสี่ยงต่อการเข้ามาของเชื้อก่อโรคสู่ฟาร์มและตัวสัตว์ปีก ดังนั้นการเพิ่มความถี่ในการเปลี่ยนสารฆ่าเชื้อให้อยู่ในสภาพที่ใช้งานได้ดีจึงถือเป็นสิ่งสำคัญ
5. การเข้ามาและการอยู่อาศัยของสัตว์พาหะเพิ่มขึ้น จากสภาพแวดล้อมที่เอื้อต่อการเจริญเติบโตของวัชพืชที่มากขึ้นภายในฟาร์ม ดังนั้นการเพิ่มความถี่ในการตัดวัชพืชให้สั้นลงอยู่เสมอ โดยเฉพาะรอบ ๆ โรงเรือนจะช่วยลดปัญหาดังกล่าวได้